home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00411 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  33 lines
  1. *************************************************************
  2. * Eukaryotic RNA polymerases 30 to 40 Kd subunits signature *
  3. *************************************************************
  4.  
  5. In eukaryotes,   there   are   three  different  forms  of  DNA-dependent  RNA
  6. polymerases (EC  2.7.7.6).  Each class of RNA polymerase is assembled from ten
  7. to twelve different polypeptides.
  8.  
  9. It has recently   been shown [1,2] that  small  subunits  of about 30 to 40 Kd
  10. found in  all  three types of polymerases are highly conserved. Subunits known
  11. to belong to this family are:
  12.  
  13.  - Yeast RPC5 subunit (or RPC40) from RNA polymerases I and III.
  14.  - Yeast RPB3 subunit from RNA polymerase II.
  15.  - Mammalian RPB33 (gene POLR2C) from RNA polymerase II.
  16.  - Conjugation stage-specific protein cnjC  from  Tetrahymena thermophila [3],
  17.    which may be a stage-specific RNA polymerase subunit.
  18.  
  19. As a  signature pattern  for  these subunits, we  selected a highly  conserved
  20. region in their N-terminal part.
  21.  
  22. -Consensus pattern: D-E-[LIVMFY](2)-A-H-R-[LIVM]-G-[LIVM](2)-P-L
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  24. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  25. -Last update: June 1994 / Text revised.
  26.  
  27. [ 1] Kolodziej P., Young R.A.
  28.      Mol. Cell. Biol. 9:5387-5394(1989).
  29. [ 2] Pati U.K., Weissman S.M.
  30.      J. Biol. Chem. 265:8400-8403(1990).
  31. [ 3] Martindale D.W.
  32.      Nucleic Acids Res. 18:2953-2960(1990).
  33.